Inspekcja realizuje zadania z zakresu ochrony zdrowia zwierząt oraz bezpieczeństwa produktów pochodzenia zwierzęcego w celu zapewnienia ochrony zdrowia publicznego, w szczególności przez:

1) zwalczanie chorób zakażnych zwierząt, w tym chorób odzwierzących;

1a) badanie kontrolne zakażeń zwierząt;

2) monitorowanie chorób odzwierzęcych i odzwierzęcych czynników chorobotwórczych oraz związanej z nimi oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe u zwierząt, w produktach pochodzenia zwierzęcego i środkach żywiwenia zwierząt;

3) badanie zwierząt rzeźnych oraz produktów pochodzenia zwierzęcego;

4) przeprowadzenie:

a) weterynaryjnej kontroli granicznej,

b) kontroli weterynaryjnej w handlu i wywozie zwierząt oraz produktów w rozumieniu przepisów o kontroliweterynaryjnej w handlu,

c) kontroli na miejcsu w zakresie przestrzegania wymogów

d) kontroli wyrobów do diagnostyki in vitro stosowanych w medycynie weterynaryjnej, w rozumieniu art. 2 pkt 40 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o ochronie  zdrowia zwierząt oraz zwalczaniu chorób zakaźnych zwierząt (Dz.U. z 2008r. Nr 213, poz. 1342 oraz z 2010r. Nr 47,poz.278, Nr 60,poz.372 i Nr 78,poz 513), zwanych dalej "wyrobami do diagnostyki in vitro stosowanymi w medycynie weterynaryjnej", mającej na celu ustalenie, czy wprowadzone do obrotu lub używania wyroby znajdują się w wykazie wyrobów do diagnostyki in vitro stosowanych w medycynie weterynaryjnej, o którym mowa w art. 76a ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o ochronie  zdrowia zwierząt oraz zwalczaniu chorób zakaźnych zwierząt;

5) sprawowanie nadzoru nad:

a) bezpieczeństwem produktów pochodzenia zwierzęcego, w tym nad wymaganiami weterynaryjnymi przy ich produkcji, umieszczaniu na rynku oraz sprzedaży bezpośredniej,

b) wprowadzaniem na rynek zwierząt i ubocznych produktów pochodzenia zwierzącego,

c) wytwarzaniem, obrotem i stosowaniem pasz, dodatków stosowanych w żywieniu zwierząt, organizmów genetycznie zmodyfikowanych przeznaczonych do użytku paszowego i pasz genetycznie zmodyfikowanych oraz nad transgranicznym przemieszczaniem organizmów genetycznie zmodyfikowanych przeznaczonych do użytku  paszowego,

d) zdrowiem zwierząt przeznaczonych do rozrodu oraz jakością zdrowotną materiału biologicznego i jaj wylęgowych drobiu,

e) obrotem i ilością stosowanych produktów leczniczych weterynaryjnych,

f) wytwarzaniem i stosowaniem pasz leczniczych,

g) przesterzeganiem przepisów o ochronie zwierząt,

h) przestrzeganiem zasad identyfikacji i rejestracji zwierząt oraz przemieszczeniem zwierząt,

i) przestrzeganiem wymagań weterynaryjnych w gospodarstwach utrzymujących zwierzęta gospodarskie,

j) utrzymywaniem, hodowlą, prowadzeniem ewidencji zwierząt doświadczalnych w jednostkach doświadczalnych, hodowlanych i u dostawców;

6) prowadzenie monitorowania substancji niedozwolonych , pozostałości  chemicznych, biologicznych,produktów leczniczych i skażeń promieniotwórczych u zwierząt, w  ich wydzielinach i wydalinach, w tkankach lub narządach zwierząt, w produktach pochodzenia zwierzęcego, w wodzie przeznaczonej do pojenia zwierząt oraz w paszach;

7) prowadzenie wymiany informacji w ramach systemów wymiany informacji, o którychmowa w przepisach Unii Europejskiej;

8) przyjmowanie informacji o niebezpiecznych produktach żywnościowych oraz paszach od organów Państwowej Inspekcji Ochrony Roślin  i Nasiennictwa, Inspekcji Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych, w zakresie kompetencji tych inspekcji, oraz od organów Inspekcji Handlowej o niebezpiecznych produktach żywnościowych pochodzenia zwierzęcego oraz ocena ryzyka i stopnia zagrożenia spowodowanego niebezpiecznym produktem żywnościowym lub paszą, a następnieprzekazywanie tych informacji do kierującego siecią systemu RASFF, o którym mowa w art. 85 ustawy z dnia 25 sierpnia 2006r. o bezpieczeństwie żywności i żywienia.